Jakmile rozpočtový deficit vznikne (bez ohledu na to, zda je cyklický, či strukturální), je nutno tento problém nějakým způsobem řešit. Existují různé způsoby, jak rozpočtový deficit krýt. Převážná většina autorů uvádí 3 základní způsoby financování deficitu státního rozpočtu, přičemž třetí z níže uvedených způsobů se užívá výjimečně.
Prvním způsobem je dluhové krytí
Jeho podstatou je transformace rozpočtového deficitu do veřejného dluhu domácího nebo zahraničního. Jeho provedení spočívá v emisi státních cenných papírů, nejčastěji státních dluhopisů a jejich prodeji. V tuzemsku soukromému sektoru, včetně komerčních bank, popřípadě obyvatelstvu. Stát dluží domácím subjektům a dochází tak k vzniku vnitřního dluhu. Do zahraničí, kdy stát dluží zahraničním subjektům, které si státní dluhopisy nakoupí, a dochází ke vzniku dluhu vnějšího. V České republice vláda na domácím trhu emituje dva druhy cenných papírů.
Státní pokladniční poukázky
Jsou to krátkodobé cenné papíry (splatnost do jednoho roku). Vláda je emituje v průběhu rozpočtového období na krytí průběžného deficitu státního rozpočtu. Vydávání těchto vládních cenných papírů není neomezené, neboť vláda má pevně stanovený limit maximálního objemu, jaký může být emitován.
Státní dluhopisy
Jedná se o dlouhodobé cenné papíry s dobou splatnosti až do dvaceti let. Vláda je emituje na konci rozpočtového období na pokrytí vzniklého schodku státního rozpočtu.
Druhým způsobem krytí schodku je peněžní (emisní) financování
Jedná se o financování rozpočtového deficitu pomocí úvěru od centrální banky (Česká národní banka). Ta může poskytnout přímý úvěr nebo koupit státní dluhopisy přímo od státu. Takovéto krytí nazýváme úvěrovou emisí. V řadě zemí je tento způsob financování deficitu omezen, neboť má nepříznivé důsledky na monetární politiku státu. Centrální banka může státní dluhopisy nakoupit i na sekundárním trhu, zde však již nejde o bezprostřední vztah ke krytí deficitu, ale o monetizaci dluhu. Monetizací dluhu se rozumí splácení, respektive skupování vládního dluhu centrální bankou bez vyvažující emise nového nepeněžitého dluhu.
Oba uvedené způsoby financování zvyšují monetární bázi, zvyšují množství peněz v oběhu, což má vážné makroekonomické důsledky. Proto je žádoucí, aby o tom, zda bude deficit státního rozpočtu kryt úvěrem (stejně jako fonetizací dluhu), nerozhodoval stát, respektive vláda, ale nezávislá instituce, která je zodpovědná za měnovou situaci v daném státě a tou je centrální emisní banka. S prvními dvěma uvedenými způsoby krytí rozpočtového deficitu státního rozpočtu počítá i tzv. Vládní bilanční rovnice, která uvádí do souvislosti rozpočtový schodek na straně jedné a možné způsoby jeho krytí na straně druhé. V této rovnici jsou rozpočtové příjmy zredukovány na příjmy daňové a při krytí schodku se nepočítá s vyrovnáním pomocí státních finančních aktiv.
Třetím způsobem krytí schodku je krytí ze státních finančních
V tomto případě dochází k financování deficitu z rezerv vytvořených v minulých letech, z kapitálového majetku apod. Na rozdíl od předchozích dvou způsobů, je financování státního rozpočtového deficitu poklesem státních finančních aktiv mimořádným způsobem, jehož využití je omezeno rozsahem majetku, který vláda může prodat.
Dalším způsobem je krytí pomocí zvýšení daní
Spolu s krytím ze státních finančních aktiv patří mezi tzv. dlouhodobé řešení deficitu, neboť krýt tímto způsobem deficit je možné až v delším časovém horizontu, protože dosáhnout změny daňových zákonů nebývá lehké a je to předmětem dlouhodobého politického vyjednávání v parlamentu.