Ústavní soud v prvé řadě soustavně konstatuje, že správní rozhodnutí musí podléhat plnému přezkumu soudem, správní soud je tedy povinen přezkoumat rozhodnutí správního orgánu (správce daně) v celém rozsahu uplatněných žalobních námitek. Jestliže tak neučiní, odporuje jeho postup zásadám spravedlivého procesu. I po provedené reformě správního soudnictví se tento problém opakuje, a proto i v nedávné době musel Ústavní soud konstatovat ve svém rozhodnutí IV. ÚS 40/03, že: „Postup správního soudu, který nepřezkoumá rozhodnutí správního orgánu v celém rozsahu uplatněných žalobních námitek, odporuje zásadám spravedlivého procesu.“
Velká diskuse
Velká diskuse byla vedena i o soudní přezkoumatelnosti procedurálních rozhodnutí finančních orgánů, např. v judikatuře Ústavního soudu ČR ve věci zamítnutí návrhu na povolení přezkoumání rozhodnutí (§ 55b daňového řádu). Ústavní soud svým rozhodnutím II. ÚS 660/2000 konstatoval, že „rozhodnutí finančního ředitelství o přezkoumání rozhodnutí dle § 55b zákona č. 337/1992 Sb., o správě daní a poplatků (které svou podstatou věcně představuje zamítnutí návrhu na povolení přezkoumání rozhodnutí) je rozhodnutím meritorním (materiální povahy) ve smyslu § 244 a násl. o. s. ř. Nejde tedy o pouhé procesní rozhodnutí a z tohoto důvodu není žádný zákonný důvod, který by bránil podání žaloby proti tomuto rozhodnutí v rámci správního soudnictví. Opačný postup [dle § 248 odst. 2 písm. e) o. s. ř.] by byl v rozporu s konstrukcí mimořádných opravných prostředků dle zákona o správě daní a poplatků a ve svých důsledcích by znamenal denegatio iustitiae v rozporu s čl. 36 odst. 1 Listiny základních práv a svobod.“ Naopak v rozhodnutí III. ÚS 259/2000 dospěl k závěru, že „rozhodnutí o nepovolení přezkoumání rozhodnutí podle §55b zákona č. 337/1992 Sb., o správě dání a poplatků, ve znění pozdějších předpisů, má procesní povahu, a tudíž nepodléhá soudnímu přezkumu.“ Zásadní k této věci je názor Ústavního soudu ČR v nálezu II.ÚS 271/96, že „rozhodnutí o povolení přezkumu se musí vypořádat se zachováním lhůty podle §55b odst. 2 ČNR č. 337/1992 Sb., o správě daní a poplatků, ve znění pozdějších předpisů, popř. s procesními vadami předchozího řízení, nýbrž musí zásadně posoudit dodržení zákonnosti rozhodnutí a zejména skutkový stav v podobě existence skutečností, které alespoň nasvědčují tomu, že daň nebyla vyměřena ve správné výši. Správce daně je přitom vázán právním názorem správce daně, který přezkoumání nařídil nebo povolil. Rozhodující pro posouzení povahy rozhodnutí o povolení přezkumu je proto obsah tohoto rozhodnutí a důvody, které k němu vedou.
Pokud by instančně vyšší správce daně nepřihlédl k porušení právního předpisu, podstatné vadě řízení nebo skutkové okolnosti, která alespoň nasvědčuje tomu, že daň byla nesprávně stanovena, zůstal by při extenzivním výkladu pojmu procesní rozhodnut stěžovatel v tomto řízení bez soudní ochrany, která je mu Listinou základních práv a svobod zaručena v čl. 36 odst. 1 a 2.“ K soudnímu přezkumu procesních rozhodnutí vydal Ústavní soud ČR kontroverzní rozhodnutí IV. ÚS 198/99: „Ze systematického zařazení § 73 zákona ČNR č. 337/1992 Sb., o správě daní a poplatků, ve znění pozdějších předpisů, lze usuzovat, že výzva k zaplacení nedoplatku daně v náhradní lhůtě má povahu pouhého procesního rozhodnutí, neboť neřeší ani neukládá hmotněprávní povinnosti placení daně, nýbrž pouze upomíná o zaplacení daňového nedoplatku. Takovéto rozhodnutí je podle § 248 odst. 2 písm. e) občanského soudního řádu rozhodnutí procesní povahy, které nepodléhá soudnímu přezkumu.“ Ve svém důsledku však ve velmi zásadní situaci může vést k denegatio iustitiae – opět by měl soud velmi zásadně přihlédnout k okolnostem jednotlivého případu (viz dále problematika daňového ručení).
Pro situaci soudně nepřezkoumatelných procedurálních rozhodnutí správce daně, která mohou být pro poplatníka nesmírně závažná, finančně velmi nákladná a organizačně velmi zatěžující – například je to rozhodnutí o zahájení opakované daňové kontroly – přinesl aktuálně Nejvyšší správní soud velmi dobré řešení. Dle názoru Nejvyššího správního soudu zahájení i provádění daňové kontroly dle § 16 daňového řádu může být podle okolností nezákonným zásahem, proti kterému je možno podat žalobu podle § 82 a násl. soudního řádu správního. Nestanoví-li daňový řád lhůtu pro vyřízení námitek, užije se o délce této lhůty per analogiam iuris ustanovení § 49 správního řádu. V tomto rozhodnutí je velmi zásadní možnost daňového poplatníka bránit se proti procesnímu rozhodnutí správce daně i způsob stanovení explicitně zákonem neurčené lhůty.