Požadavek harmonizace nepřímých daní vychází z čl. 93 Smlouvy o Evropských společenstvích, již v roce 1967 byl schválen společný systém DPH, který byl v roce 1973 zaveden ve všech členských státech.
Daň z přidané hodnoty je v zemích EU jedinou přípustnou všeobecnou daní ze spotřeby. Má nejvýhodnější vlastnosti, které jsou potřebné k zachování neutrality v mezinárodním obchodě. Její technika totiž umožňuje zjistit zaplacenou daň na všech stupních zpracování, a tak umožňuje i refundaci této zaplacené daně.
Systém daně z přidané hodnoty, tj. postupného zdaňování produktu v průběhu jeho zhodnocování, je poměrně složitý na výpočet, avšak vede k celkově vyšším daňovým výnosům než původní klasická daň z obratu a její výpočet je přesnější a spravedlivější. Proto byl tento typ daně zvolen jako univerzální nepřímá daň vybíraná v členských státech Evropské unie. Nejprve došlo ke sjednocení základu, z něhož se daň vyměřuje, a procedury vyměření a výběru, dalším krokem je sbližování sazeb DPH (zavedena minimální sazba 15% s možností jedné snížené sazby minimálně 5 %). Postupné sbližování by pak mělo vyústit v úplné zrušení daňových hranic u této nepřímé daně.
Harmonizace DPH v EU
Harmonizace DPH v EU vychází ze 6. směrnice z roku 1977, přičemž pravidla pro základ daně i pro sazby se několikrát revidovala. Harmonizovaným základem daně z přidané hodnoty je každý prodej zboží a služeb, s výjimkou finančních a právních služeb a kapitálových statků, u nichž lze základ daně určit jen velmi obtížně nebo kde případně není jasné, co je vlastně základem daně (zejména u nových produktů finančního trhu). Osvobozena je také zdravotní péče, vzdělání a jiné veřejné statky pod ochranou státu. Před rokem 1993 byl od daně osvobozen vývoz do jiné členské země při zachování nároku na odpočet daně na vstupu (de facto nulová sazba daně) a daň byla uvalována na dovozy v zemi určení, se sazbou platnou v té zemi – tzv. princip země určení.
Původním předpokládaným cílem harmonizace bylo tzv. zdanění podle principu země původu zboží tak, aby byly zcela odstraněny formality na hranicích. Předpokladem bylo zdanění zboží bez ohledu na místo konečné spotřeby. Tento přístup ovšem předpokládá jednotnou sazbu daně nebo kompenzační mechanismus k přerozdělení daňových výnosů mezi zeměmi, neboť jinak by to nebyla daň ze spotřeby a v každé zemi by se prodávalo zboží s různými sazbami – podle toho, odkud pochází.
Od zavedení jednotného trhu roku 1993 platí v zemích EU přechodný režim. Odpadly formality na vnitřních státních hranicích a administrativa daní je vykonávána stejným úřadem bez ohledu na to, zda jde o dovoz nebo o domácí plnění, a to je buď úřad daňový nebo celní. Byl vytvořen zvláštní systém kontroly, kdy každému podniku v EU, který se podílí na zahraničním obchodu s dalšími zeměmi EU, bylo přiděleno zvláštní daňové identifikační číslo a tato čísla jsou uvedena při realizované obchodní činnosti na dokumentech obchodních partnerů. Daň platí kupující strana ve své zemi podle sazby své země.
V letech 1991 a 1992 byla vydána dvě nařízení EU ke vzájemné výměně informací. První z nich zavedlo tzv. Intrastat systém, podle něhož jsou všechny subjekty povinny poskytovat informace o pohybu zboží. Jsou to informace o zemi původu nebo určení, o množství zboží a jeho hodnotě dle klasifikace jednotného celního sazebníku, o dodacích lhůtách a způsobu dopravy. Touto povinností subjektů se nahrazuje informovanost, kterou dříve umožňovala celní kontrola. Ostatní subjekty, které nedosáhnou určené hranice, poskytují požadované informace v pravidelném daňovém přiznání. Druhé nařízení zavedlo VIES („VAT information exchange systém“), umožňující výměnu určitých vybraných informací, například registračních čísel subjektů a objem přijatých a poskytnutých zdanitelných plnění.
Občané členských zemí dovážejí pro vlastní spotřebu zboží z jiné členské země s daní uvalenou v zemi původu, a to bez limitu množství. Výjimku tvoří automobily, letadla a lodě, u nichž se zachoval princip země určení, a každý nový takový předmět je zdaněn v zemi, kde bude registrován. Tento přechodný režim, i když funguje bez větších problémů, je administrativně velice náročný a stále ještě není dosaženo stavu, kdy by obchod uvnitř země a uvnitř jednotného trhu – avšak mezi dvěma státy – byl zdaňován stejně. Harmonizovány jsou též sazby daně, pro které platí tato pravidla: standardní sazba je pouze jedna, minimálně 15%, mohou existovat nejvýše dvě snížené sazby, a to minimálně 5% a jen na zboží schválené v direktivě, každé dva roky se provede revize těchto snížených sazeb, zvýšené sazby nejsou povoleny.
Aktivita orgánů Evropské unie k harmonizaci daně z přidané hodnoty je značná. Výsledky jsou však skromnější, o čemž nejlépe svědčí variační rozpětí základní sazby, která se od roku 2005 v jednotlivých členských státech pohybuje od 15 do 25%.